OPL hosts a meeting on colims on May 8th

Please join us on Thursday May 8th from 13:00 until 17:00 for a proteomics (bioinformatics) meeting in Amsterdam.

The main topic of this fourth DTL Focus meeting will be colims, a new system for storing mass spectrometry based proteomics data. The system is being developed by the group of Lennart Martens (at Ghent University) and several members of his team will join the meeting.The most important goal of colims is to enable more research queries on your proteomics data. In addition to that, uploading data to the PRIDE proteomics repository from EBI (which is often required for publications) is much easier after putting the metadata in colims.

Agenda

  • 13:00-13:15 - introduction by Connie Jimenez (NPP steering committee, VUmc)
  • 13:15-13:45 - experience with automatically generated QC graphs and metrics by Thang Pham (VUmc)
  • 13:45-14:15 - TBA
  • 14:15-14:30 - break
  • 14:30-17:00 - presentation of the latest version of colims by Lennart Martens and/or members of his team

Suggestions for the agenda (or anything else) are of course welcome!

Invitation

If you are interested in the topics above, please join this meeting and also feel free to pass this e-mail on to colleagues or anyone else that might be interested.

We have enough space for up to 45 participants. Participation is free, but we do ask you to register so we can make sure there are enough chairs and plenty of coffee & tea. You can find more information and how to register on the following page: dtls.nl/dtl/events/dtl-focus-meeting-proteomics-bioinformatics.

The location is at VUmc, in the red/blue CCA building, room CCA 4-39. You can reach VUmc by tram/metro/bus, by train (Amsterdam Zuid is a 15 minutes walk from VUmc), and by car (parking can be difficult). Once you are at VUmc, you can follow these directions to find the right building: CCA route description

Alpes d'HuZes multi-center project funded: Improving clinical management of colon cancer through CONNECTION, a nation-wide Colon Cancer Registry and Stratification effort

http://www.vumc.nl/afdelingen/over-vumc/nieuws/subsidie-kwf/?view=Standard

VUmc press release:

Darmkankerpatiënten waarbij de tumor in een vroeg stadium wordt ontdekt en succesvol verwijderd, hebben nog steeds een 20 % kans dat de tumor terugkeert. Het is lastig te bepalen hoe je deze groep patiënten optimaal moet behandelen. Enerzijds reduceert ondersteunende chemotherapie de kans dat de ziekte terugkeert, maar niet bij alle patiënten die zo worden behandeld. En anderzijds is 80 % van de patiënten al genezen doordat de tumor is weggehaald en voor hen is aanvullende chemotherapie onnodig en mogelijk toxisch.


Het is dus cruciaal dat we technieken ontwikkelen om met grote zekerheid die patiënten te kunnen identificeren die een groot risico hebben op het terugkeren van de tumor en vervolgens te bepalen bij welke patiënten chemotherapie kan voorkomen dat de ziekte terugkomt. Recent is duidelijk geworden dat darmkanker niet één uniforme ziekte is, maar uiteenvalt in drie groepen die biologisch verschillen. Hiervan blijkt één groep een zeer slechte prognose te hebben en identificatie van deze subgroep zou al voldoende zijn om een selectie voor chemotherapie te maken.


Met steun van 3,4 miljoen euro KWF-subsidie gaan onderzoekers van AMC (pen-voerder), VUmc, Erasmus MC, Radboudumc en UMC Utrecht onderzoeken of deze groepsindeling een bruikbare manier is om hoog-risico-patiënten te identificeren. Dr. Connie Jimenez, hoofd OncoProteomics Laboratorium van de afdeling Medische Oncologie en mede-aanvrager is betrokken als werkpakketleider in dit project en zal de eiwitprofielen in de darmtumoren in kaart brengen ten einde een eiwittest te ontwikkelen. In parallel aan de moleculaire profiling. gaat het consortium een nationale darmkanker-registratie opzetten, waarin alle klinische gegevens van darmkankerpatiënten – geanonimiseerd – worden opgeslagen. Dit moet ervoor zorgen dat nieuw ontwikkelde klinische tests snel getoetst kunnen worden in grote groepen patiënten. Dit draagt bij aan betere zorg voor patiënten met darmkanker.

VUmc-AMC alliantie AIO project funded on phosphoproteomics in pancreatic cancer --> Borrel March 21 at 16.30 first floor CCA

VUmc-AMC alliantie AIO project funded on phosphoproteomics in pancreatic cancer --> Borrel March 21 at 16.30 first floor CCA

Promotie: Marc Warmoes

13 januari 2014, Aula Vrije Universiteit

Promovendus: M.O. Warmoes 
Titel proefschrift: Proteomics of experimental breast cancer. Towards application of novel protein biomarkers in the clinic.

 

From VUmc tracer


 

Op weg naar een klinische test voor BRCA1-deficiënte borstkanker

Maandag 13 januari, 13.45 uur, aula, M. Warmoes, ‘Proteomics of experimental breast cancer.’

Van alle vrouwen die borstkanker krijgen, is bij 10 tot 15 % sprake van een erfelijke variant. Van deze groep lopen de (vrouwelijke) familieleden een verhoogde kans om al op jonge leeftijd de ziekte te krijgen. Lange tijd was niet bekend welk gen erfelijke borstkanker veroorzaakt, maar inmiddels zijn een paar genetische afwijkingen ontdekt, waarvan het BRCA1-gen de bekendste is. Dit gen is normaal gesproken verantwoordelijk voor het repareren van een bepaalde vorm van DNA-schade  die ook bij gezonde personen continu ontstaat. Borstkankercellen met een BRCA1-defect zijn dus minder goed in staat om schade aan het genetische materiaal – DNA – te herstellen. Overigens komt ook bij niet-erfelijke borstkanker inactivatie van het BRCA1-gen voor.

Voor patiënten met BRCA1-deficiënte borsttumoren zijn sinds kort enkele veelbelovende behandelingen beschikbaar. Dit biedt dus een kans om een bijbehorende diagnostische test te ontwikkelen die dit type tumorcellen kan identificeren. “Maar daarvoor is het wel van belang dat we  een eenvoudige eiwittest ontwikkelen waarmee we kunnen vaststellen van welk type borstkanker er sprake is”, zegt Marc Warmoes. “Dit is met name belangrijk voor het kiezen van de beste therapie.”

Tijdens zijn promotieonderzoek bij het VUmc OncoProteomics Laboratorium van de afdeling Medische Oncologie in samenwerking met het Nederlands Kanker Instituut, haalde Warmoes BRCA1-deficiënte tumorcellen uit genetisch gemodificeerde muizen en analyseerde die met behulp van een geavanceerd massaspectrometrie-apparaat. “In feite knippen we eerst de in de tumor voorkomende eiwitten in stukjes, waarna ze het apparaat in gaan. Dat meet heel nauwkeurig de massa’s van de eiwitstukjes, waarmee we met uitgekiende algoritmes de samenstelling en hoeveelheid van de eiwitten kunnen bepalen. Zo hebben we een profiel van verschillende eiwitten geïdentificeerd, waarmee we in staat zijn om tumoren met een BRCA1-defect te herkennen bij mensen. Omdat we ook een non-invasieve test willen ontwikkelen voor vroege detectie in dragers van een BRCA1-mutatie, gaan we momenteel ook na of we deze eiwitten in bloed kunnen meten. Verder onderzoeken we ook of de eiwitten in staat zijn tumoren te herkennen waarbij andere genen betrokken zijn met een functie die gelijkaardig is aan die van het BRCA1-gen. Op termijn moet het mogelijk zijn om met een simpele eiwittest tumoren te identificeren die gevoelig zijn voor middelen die dubbelstrengs DNA-schade veroorzaken, zodat ‘therapie op maat’ een realiteit wordt voor de patiënt.

KWF awarded on breast cancer proteomics! Borrel 6 dec 16.30, CCA first floor

 

Discovery and clinical validation of novel protein biomarkers for homologous recombination deficient breast cancer

projectleiders: Dr. Connie R. Jimenez (Vumc); Prof. dr. Jos Jonkers (NKI); Prof. dr. Paul van Diest (UMCU).

 

"Triple negatieve" borstkankers (TNBCs) vormen ongeveer 15% van alle invasieve borstkankers. Deze tumoren missen expressie van oestrogeenreceptors (ER), progesteronreceptors (PR) en humane epidermale groeifactorreceptor (Her2) en kunnen dus niet worden behandeld met hormoontherapie of anti-Her2 therapie. Een deel van de TNBCs is echter gevoelig voor chemotherapie, waarschijnlijk door mutatie of epigenetische inactivering van BRCA1, een gen essentieel voor het foutloos repareren van dubbelstrengs DNA-breuken via homologe recombinatie (HR). Veelbelovende behandelingen voor patiënten met BRCA1- ofBRCA2-deficiënte borsttumoren zijn platines en Parp1-remmers die deze DNA-schade veroorzaken.

Er is echter geen simpele HR-deficiëntietest om patiënten te selecteren voor therapie. De huidige tests maken gebruik van vers weefsel (Rad51 focus assay) of van een genoomprofiel dat nietper se de actuele HR staat van het Brca-systeem weerspiegelt. Een simpele eiwittest die werkt met parafine materiaal is zeer te verkiezen.

Recentelijk hebben we middels geavanceerde massaspectrometrie in borsttumorweefsel van BRCA1-deficiënte muizenmodellen een eiwitprofiel van DNA-hersteleiwitten geïdentificeerd met diagnostische waarde voor humane BRCA-gemuteerde borsttumoren. In dit project willen we deze succesvolle analyse uitbreiden naar meer relevante xenograftmodellen (muizen met geïmplanteerde humane tumoren) en de resulltaten valideren in een preklinische studie en in een klinisch cohort.

 

Verwachte resultaten en relevantie voor kanker

Dit onderzoek, waarbij geavanceerde massaspectrometrie gebruikt wordt, draagt bij aan de KWF-speerpunten ‘onderzoeksresultaten zo snel mogeijk naar de patiënt’ en ‘meer genezing’ door selectie van de juiste patiëntengroep voor de juiste therapie. 

We verwachten dat we de volgende resultaten verkrijgen: (1) nieuwe inzichten in mechanismen van therapiegevoeligheid en resistentie in TNBC's voor platines of PARP-remmers in relatie tot HR status enBRCA-status; (2) nieuwe gevalideerde eiwitbiomarkers and -bepalingen voor HR -deficiëntie; (3) nieuwe multiplex assays voor klinische applicaties. Deze biomarker tools zullen ons helpen om responsen van HR deficiente TNBCs op platina drugs en PARP remmers te voorspellen.

Media attention in Oncologie-Up-To-Date related to the the awarded KWF project on CRC cancer proteomics

 

Interview dr. Remond Fijneman en dr. Connie Jimenez in OncologieUptoDate.

 

OPL organizes the 13th Fall Meeting of the Netherlands Proteomics Platform

The OPL will host the annual fall meeting of the Netherlands Proteomics Platform on November 8, in Amsterdam (Amstelzaal, VUmc) entitled "Proteomics suite of applications and novel developments".

Meeting program

The key note lectures will be given by Jan van Oostrum of the Domon lab in Luxembourg on novel developments in targeted mass spectrometry (from SRM to PRM and Swath) and Robbert Slebos of the Liebler lab at Vanderbilt who will talk about proteogenomics and give an update on the proteomics effort of the Cancer Genome Atlas Project (TCGA).

 

Please register by sending a reply mail to Dr. Connie Jimenez ( This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. ), no later than Nov 1.