KWF grant awarded for CRC phosphoproteomics

KWF grant awarded "Signaling pathways involved in colorectal adenoma-to-carcinoma progression"


Project leaders: Beatriz Carvalho, Connie Jimenez and Gerrit Meijer


Despite extensive knowledge of the colorectal cancer (CRC) genome in general and the molecular mechanisms in colorectal adenoma to carcinoma progression in particular, it is still unclear how the complex genomic aberrations converge on cellular signaling pathways at the biochemical level, and consequently which precise biological status reflects an adenoma at high risk of progressing to cancer. The importance of protein kinases in this process calls for a global phosphoproteomics approach that can address the activation status of cellular signaling pathways and identify crucial kinases driving adenoma to carcinoma progression.

The current project aims to further resolve the biology of adenoma to carcinoma progression by focusing on cell signaling pathways, in particular on protein phosphorylation and functional validation of candidate driver kinases involved in adenoma to carcinoma progression. This will improve knowledge of CRC development that can be translated into more precise intermediate endpoints in CRC screening programs. This project builds on an extensive body of previous research in our labs and incorporates state-of-the-art phosphoproteomics as well as groundbreaking work on cell culture from primary colorectal adenomas by us and our collaborators.

 

 

OPL hosts a meeting on colims on May 8th

Please join us on Thursday May 8th from 13:00 until 17:00 for a proteomics (bioinformatics) meeting in Amsterdam.

The main topic of this fourth DTL Focus meeting will be colims, a new system for storing mass spectrometry based proteomics data. The system is being developed by the group of Lennart Martens (at Ghent University) and several members of his team will join the meeting.The most important goal of colims is to enable more research queries on your proteomics data. In addition to that, uploading data to the PRIDE proteomics repository from EBI (which is often required for publications) is much easier after putting the metadata in colims.

Agenda

  • 13:00-13:15 - introduction by Connie Jimenez (NPP steering committee, VUmc)
  • 13:15-13:45 - experience with automatically generated QC graphs and metrics by Thang Pham (VUmc)
  • 13:45-14:15 - TBA
  • 14:15-14:30 - break
  • 14:30-17:00 - presentation of the latest version of colims by Lennart Martens and/or members of his team

Suggestions for the agenda (or anything else) are of course welcome!

Invitation

If you are interested in the topics above, please join this meeting and also feel free to pass this e-mail on to colleagues or anyone else that might be interested.

We have enough space for up to 45 participants. Participation is free, but we do ask you to register so we can make sure there are enough chairs and plenty of coffee & tea. You can find more information and how to register on the following page: dtls.nl/dtl/events/dtl-focus-meeting-proteomics-bioinformatics.

The location is at VUmc, in the red/blue CCA building, room CCA 4-39. You can reach VUmc by tram/metro/bus, by train (Amsterdam Zuid is a 15 minutes walk from VUmc), and by car (parking can be difficult). Once you are at VUmc, you can follow these directions to find the right building: CCA route description

Alpes d'HuZes multi-center project funded: Improving clinical management of colon cancer through CONNECTION, a nation-wide Colon Cancer Registry and Stratification effort

http://www.vumc.nl/afdelingen/over-vumc/nieuws/subsidie-kwf/?view=Standard

VUmc press release:

Darmkankerpatiënten waarbij de tumor in een vroeg stadium wordt ontdekt en succesvol verwijderd, hebben nog steeds een 20 % kans dat de tumor terugkeert. Het is lastig te bepalen hoe je deze groep patiënten optimaal moet behandelen. Enerzijds reduceert ondersteunende chemotherapie de kans dat de ziekte terugkeert, maar niet bij alle patiënten die zo worden behandeld. En anderzijds is 80 % van de patiënten al genezen doordat de tumor is weggehaald en voor hen is aanvullende chemotherapie onnodig en mogelijk toxisch.


Het is dus cruciaal dat we technieken ontwikkelen om met grote zekerheid die patiënten te kunnen identificeren die een groot risico hebben op het terugkeren van de tumor en vervolgens te bepalen bij welke patiënten chemotherapie kan voorkomen dat de ziekte terugkomt. Recent is duidelijk geworden dat darmkanker niet één uniforme ziekte is, maar uiteenvalt in drie groepen die biologisch verschillen. Hiervan blijkt één groep een zeer slechte prognose te hebben en identificatie van deze subgroep zou al voldoende zijn om een selectie voor chemotherapie te maken.


Met steun van 3,4 miljoen euro KWF-subsidie gaan onderzoekers van AMC (pen-voerder), VUmc, Erasmus MC, Radboudumc en UMC Utrecht onderzoeken of deze groepsindeling een bruikbare manier is om hoog-risico-patiënten te identificeren. Dr. Connie Jimenez, hoofd OncoProteomics Laboratorium van de afdeling Medische Oncologie en mede-aanvrager is betrokken als werkpakketleider in dit project en zal de eiwitprofielen in de darmtumoren in kaart brengen ten einde een eiwittest te ontwikkelen. In parallel aan de moleculaire profiling. gaat het consortium een nationale darmkanker-registratie opzetten, waarin alle klinische gegevens van darmkankerpatiënten – geanonimiseerd – worden opgeslagen. Dit moet ervoor zorgen dat nieuw ontwikkelde klinische tests snel getoetst kunnen worden in grote groepen patiënten. Dit draagt bij aan betere zorg voor patiënten met darmkanker.